Verticilliose : Cette maladie d'origine tellurique se manifeste en fin de cycle et touche surtout le lin fibre. Respecter un intervalle d'au moins 6 ans entre deux lins. En cas d'attaque, détruire les plantes infectées.

Botrytis, ou moisissure grise : la nuisibilité de ce parasite de faiblesse est rarement importante.