La hernie des crucifères, causée par Plasmodiophora brassicae, est une maladie racinaire majeure des Brassicacées en France, dont le colza et le chou. Ces dernières années, le changement climatique semble offrir des conditions de plus en plus favorables à son développement. Le levier génétique constitue la voie la plus efficace pour contrôler cette maladie, mais son efficacité dépend de la connaissance des pathotypes de P. brassicae sur les parcelles des agriculteurs.

Or, la caractérisation des pathotypes est basée actuellement uniquement sur l’utilisation d’un set d’hôtes différentiels en conditions contrôlées qui s’avère trop couteuse et fastidieuse pour un diagnostic en routine. Par ailleurs, le test officiel, aujourd’hui proposé au CTPS pour valoriser et conseiller les variétés résistantes à la hernie, ne prennent pas en compte les évolutions potentielles des différentes populations de hernie, dont les connaissances sur les pathotypes français datent de plus de 14 ans.  

Ainsi, une gestion durable et efficace du levier génétique face à la hernie des crucifères ne peut être envisagée sans la production préalable de nouvelles connaissances sur la diversité génétique de P. brassicae sur le territoire français (voire européen) et de son potentiel d’évolution du fait de son interaction avec les contraintes abiotiques, dans un contexte de changement climatique.

Ce projet a pour objectif de fournir de nouvelles connaissances et des outils pour mieux utiliser le levier génétique dans la lutte contre la hernie des crucifères :

• Disposer de nouvelles connaissances sur l’agent pathogène par
  1. Une nouvelle carte de fréquence et de répartition, plus précise, des pathotypes en France
  2. La caractérisation de  la diversité génétique présente dans les populations françaises en se basant sur le pangénome développé dans le projet PANGENOCLUB  (Plant2Pro, 2025-2026)
  3. L’évaluation des facteurs environnementaux, susceptibles d’influencer l’expression de la maladie.
• Développer un outil moléculaire pour caractériser plus rapidement les pathotypes sur les parcelles agriculteurs.
• Proposer une adaptation du protocole officiel de caractérisation des variétés de colza face à la hernie des crucifères plus représentatif de la réalité terrain, en termes d’isolats et de conditions expérimentales.

Le projet permettra d’améliorer les connaissances sur Plasmodiophora brassicae :

• en termes de diversité génétique et de structuration des populations,
• sur la fréquence et la répartition des pathotypes majoritaires sur le territoire français,
• sur les facteurs environnementaux influençant l’expression de la maladie et les différents pathotypes dans un contexte de changement climatique. 

Ces travaux devraient aboutir à la production de marqueurs moléculaires spécifiques de pathotypes de P. brassicae, facilitant un diagnostic rapide et peu coûteux auprès des agriculteurs.

Le projet aboutira aussi à une amélioration du protocole officiel de caractérisation des variétés de colza vis-à-vis de la hernie des crucifères (inscription au CTPS) par le choix de nouveaux isolats et de conditions expérimentales plus représentatives de la réalité terrain.  

Enfin, les résultats du projet PLATOON contribueront à favoriser un meilleur déploiement des résistances variétales pour une gestion efficace et durable de la hernie des crucifères.