PANGENOCLUB

Construction et analyse du pangénome de Plasmodiophora brassicae : vers une meilleure caractérisation de la diversité génétique des pathotypes et de leur évolution

 

Carte d'identité

•    Statut du projet : en cours •    Nom du référent TI : Christophe Jestin- c.jestin@terresinovia.fr •    Date de début : 01/01/2025 •    Durée : 24 mois •    Structure pilote : INRAE •    Zone géographique : France •    Coût total du projet (dont CVO) : 199 326€

 

Les enjeux

La hernie des crucifères, causée par P. brassicae, est une maladie racinaire majeure des Brassicacées, dont le colza et le chou. Sa nuisibilité pour le colza va de la perte de quelques quintaux jusqu’au retournement complet de la parcelle dans le cas d’une attaque précoce et intense. Or, depuis ces dernières années, le changement climatique semble offrir des conditions de plus en plus favorables au développement de cette maladie.

En l’absence de produits phytosanitaires efficaces, différents leviers existent pour lutter contre P. brassicae, dont le chaulage, l’allongement des rotations et un choix variétal adapté. Ce dernier constitue la voie la plus efficace pour contrôler cette maladie. Pour cela, une connaissance fine de la diversité des pathotypes de P. brassicae, des facteurs de virulence et de leur évolution est essentielle.

 

Les objectifs

Ce projet, financé dans le cadre de Plan2Pro, a pour objectif principal d’améliorer nos connaissances sur le génome de P.brassicae et sa diversité, au travers la constitution et l’analyse de son pangénome, c’est-à-dire l’identification du génome noyau et du génome accessoire (gènes qui varient entre les isolats) et de leur niveau et type de polymorphisme.

Ces connaissances sont les premières bases indispensables vers l’identification des facteurs de virulence de P. brassicae et des variations génétiques qui leurs sont associées.

Ce travail devrait permettre l’identification de variations génomiques et génétiques entre les principaux pathotypes présents sur les territoires français et le développement de marqueurs moléculaires pathotypes spécifiques utilisables par la filière.

 

Les résultats attendus

Ce projet devrait aboutir au développement d’un set de marqueurs moléculaires pour faciliter la caractérisation des pathotypes de hernie. Ces marqueurs, qui seront rendus publics, pourront être utilisés par l’ensemble des acteurs de la filière pour diagnostiquer les pathotypes majoritaires sur la parcelle.

 

Le rôle de Terres Inovia

Partenaire

• Validation des marqueurs KASPAR pathotypes spécifiques.

 

Nos partenaires sur ce projet

INRAE