La mission de Terres Inovia est d'améliorer la compétitivité des oléagineux, des protéagineux et du chanvre grâce à la technique, en adaptant la production au contexte économique, aux exigences réglementaires et aux demandes sociétales. Ses programmes optimisent la production de graines, valorisent les produits et diversifient les débouchés.

L'institut s'intègre dans le cadre d'une interprofession, visant à promouvoir les produits finaux de la filière : l'huile, les tourteaux, les graines et les fibres. Les cultures concernées sont le colza, le tournesol, le soja, le lin oléagineux, le pois, la féverole, la lentille, le pois chiche, le lupin, et le chanvre.