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Colza : les micro-organismes du sol, une piste sérieuse pour éradiquer l’orobanche rameuse

L’orobanche rameuse, la plante parasite tant redoutée des producteurs de colza, pourrait-elle être un jour sous contrôle ? Les micro-organismes présents dans le sol pourraient peut-être constituer une solution. Terres Inovia co-finance une thèse, avec l’Université de Nantes, pour étudier sérieusement cette piste.

L’orobanche rameuse, redoutée et encore non maîtrisée

Cette plante parasite, que l’on trouve sur les pieds de colza et de nombreuses autres espèces, en capte les nutriments et met en péril la pérennité des rendements. Si elle est particulièrement redoutée par les producteurs de colza, c’est parce que peu de leviers existent pour l’éradiquer des parcelles : seule la prophylaxie, des pratiques culturales adaptées et le choix de variétés à bon comportement peuvent limiter le développement du parasite de manière partielle.

Les micro-organismes du sol : vers une solution pérenne ?

A partir de 2010, Terres Inovia constate, sur certaines parcelles expérimentales de colza en Poitou-Charentes, une diminution importante d’orobanche rameuse. « Il est apparu que les orobanches étaient nécrosées, et pourrissaient avant même leur émergence », affirme Christophe Jestin, chargé d’études en génétique et protection des cultures de Terres Inovia. Ce phénomène a été remonté par d’autres instituts et agriculteurs. L’institut a alors mené de premiers travaux préliminaires en conditions contrôlées, suggérant que « certains micro-organismes dans le sol pourraient être à l’origine de ce phénomène ».

Une thèse pour identifier les facteurs pathogènes des orobanches

Pour vérifier cette hypothèse, des travaux scientifiques poussés sont alors nécessaires. C’est pourquoi Terres Inovia s’est engagée à co-financer une thèse menée par la doctorante Lisa Martinez sur « l’étude de sols suppressifs de la plante parasite Phelipanche ramosa pour le biocontrôle parasitaire », avec l’Université de Nantes, et notamment son laboratoire de biologie et pathologie végétale.

Repères Le Laboratoire de Biologie et Pathologie Végétales (LBPV), sous la direction de Philippe Simier et Philippe Delavault, développe des recherches sur les interactions plante – plante, avec pour modèle l’interaction parasitaire entre la plante parasite, l’orobanche, et des plantes d’intérêt économique (colza, tournesol) ou scientifique (Arabidopsis thaliana).  Les recherches développées visent à mieux comprendre les phases de reconnaissance des interactions parasitaires, et à accompagner les filières colza et tournesol pour le développement et l’évaluation de nouvelles méthodes de lutte contre l’orobanche.

 

Initiée il y a plus d’un an, cette thèse travaille à identifier et caractériser certains micro-organismes potentiellement impliqués dans la diminution de la présence des orobanches en champ. La finalité ? « Identifier un profil commun de ces microbiotes qui freinent le développement des orobanches afin de définir des marqueurs biologiques pour identifier les sols moins favorables à la plante parasite, et comprendre quels sont les processus ou pratiques à l’origine de ce microbiote pour tenter de le reproduire naturellement, voire de mettre au point une solution de biocontrôle avec des microbiotes artificiels », espère Christophe Jestin.

 

Trois questions à Lisa Martinez, doctorante Quel est votre parcours ? J’ai fait ma formation à l’Agro Campus Ouest, à Rennes, avant de me diriger vers un master en écologie. J’ai réalisé un stage sur l’étude de l’effet du microbiote sur une méthode de biocontrôle contre les nématodes. A l’issue de ce stage, je souhaitais me diriger vers la recherche de méthodes de biocontrôle. J’ai passé en 2019 le concours de l’école doctorale pour obtenir une bourse de thèse que j’ai défendue avec succès. En quoi consiste votre thèse ? Ma thèse, qui a commencé en 2019 et doit se terminer en novembre 2022, vise à étudier les interactions entre des microbiotes contenus dans le sol et l’orobanche rameuse. Elle est réalisée au laboratoire de l’Université de Nantes, sous l’encadrement de deux enseignants chercheurs, Lucie Poulin et Philippe Simier, et de Christophe Jestin. Ce travail a commencé par l’étude de différents sols, favorables et défavorables à l’orobanche. A partir de sols de nature physico-chimique similaire, je tente de montrer le rôle du microbiote dans l’interaction entre le colza et l’orobanche rameuse, et d’identifier le ou les micro-organismes responsables des nécroses. Ma thèse contribuera à la fois à améliorer les connaissances scientifiques de l’interaction, et à développer de nouveaux moyens de lutte.  Y a-t-il déjà des premiers résultats ? Le faible niveau d’infestation observé au champ a pu être reproduit au laboratoire. Certains micro-organismes peuvent favoriser le développement de la plante parasite, quand d’autres ont un effet contraire et limitent le nombre de fixations de l’orobanche sur le colza. Ce phénomène à l’origine de la réduction de l’infestation n’agit pas sur la germination de l’orobanche, mais sur les stades suivants de l’interaction. Le travail de la thèse se poursuit pour valider le microbiote potentiel à l’origine de ces observations.

 

Retrouvez la présentation de cette thèse et de ses enjeux par Christophe Jestin, de Terres Inovia sur You Tube