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Durant la récolte et le stockage, quelques points permettent de garantir une bonne qualité sanitaire des graines de soja, l’absence de dangers pour les consommateurs :
Vérifier la propreté du matériel de récolte et de transport pour limiter la présence de corps étrangers.
Disposer d’installations de stockage excluant tout mélange possible avec d’autres produits, matériaux ou déchets.
Assurer une protection des installations de stockage et des produits stockés contre les oiseaux et rongeurs, et contre les infiltrations d’eau pour éviter le développement de moisissures.
Mettre en œuvre les moyens adaptés pour une bonne conservation des graines de soja afin d'éviter le développement d’insectes et de moisissures
Eviter les contaminations croisées par les résidus d’insecticides de stockage (pyrimiphos-méthyl, chlorpyriphos-méthyl, deltaméthrine) : en effet, aucun insecticide n’est autorisé sur graines de soja durant le stockage. Cependant comme ces produits peuvent être utilisés sur locaux vides et sur céréales stockées, des contaminations non volontaires par les circuits peuvent se produire. Il est donc important d’identifier le risque propre à son installation pour éviter des dépassements de LMR sur soja.