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Dans ses essais, l'institut travaille sur l'identification d'un potentiel nouveau traitement de semences afin de limiter les attaques de la mouche des semis. Delia platura est une petite mouche qui est attirée par les pailles en décomposition dont la larve va grignoter les racines des très jeunes lupins et peut donc potentiellement créer de gros dégâts sur la parcelle (des pertes de pieds importantes). Aujourd'hui, le seul moyen de lutte à disposition résulte des leviers agronomiques :
Les autres ravageurs que l'on peut croiser en début de cycle sont les limaces et les taupins. Ces derniers vont également attaquer les racines et causer des pertes de pieds.
Le thrips (Thrips Angusticeps) attaque davantage au moment de la levée ou sur un jeune lupin en piquant les jeunes pousses et provoque le nanisme des plantes et pertes de pieds.
Sur lupin de printemps, le sitone (Sitona Lineatus) dont les larves grignotent les nodosités d'un lupin plus avancé et limitent la nutrition azotée de la plante. En résulte un lupin moins croissant qui peut entrainer des rendements et rendements en protéines moindres également.
Côté maladie, Terres Inovia travaille sur l'anthracnose (Collelotrichum Lupini), qui est une maladie transmissible par les semences provoquant un chancre orangé sur les cotylédons
en attaque primaire ou sur les tiges qui se contorsionnent. Les gousses peuvent aussi avoir ce chancre orangé. L'institut travaille sur l'identification de semences physiques permettant de s'absoudre de la chimie et obtenir un traitement physique (thermique, UV...).
Le Botrytis (Botrytis Cinerea), présente en fin de cycle principalement provoque la pourriture des gousses.
La rouille (Uromyces Lupinicolus) présente des petites pustules orangées sur les feuilles que l'on voit apparaitre au printemps quand les conditions sont plus chaudes mais qu'il reste un peu d'humidité.
Le sclérotinia, plus rare, (Sclerotinia Sclerotiorum) provoque des déssèchements de tiges avec des sclérotes à l'intérieur.