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La septoriose (causée par Septoria linicola) se manifeste le plus souvent à partir de la floraison.
Ceux-ci résultent d’une contamination par les spores de la forme sexuée du champignon Mycosphaeralla linicola libérées à partir des résidus de récolte infectés. Des taches brunes plutôt allongées et aux contours diffus apparaissent sur les feuilles de la base puis progressent sur les étages foliaires supérieurs en s’accompagnant d’une défoliation marquée en bas de tige. Les symptômes gagnent aussi les tiges sur lesquelles des bandes alternées vertes et brunes leur donnent un aspect zébré.
Longtemps confondue avec la septoriose, la kabatiellose (causée par Kabatiella lini) est depuis des années peu observée. La maladie se manifeste sous forme d’un étranglement du collet qui finit par une cassure du pied. A partir de la floraison, les symptômes se manifestent sur feuilles par l’apparition de taches brunes à rougeâtres et sur tiges par des traînées longitudinales brunes à rougeâtres qui entrainent un brunissement généralisé de tous les organes, d’où le nom de brunissure donné à la maladie à ce stade.
La fusariose (causée par Fusarium oxysporum f.sp. lini) est une maladie vasculaire qui se manifeste par un jaunissement d’abord unilatéral et un flétrissement des feuilles, suivis par un brunissement et la mort de la plante. Les sommités des plantes flétries prennent souvent un aspect en crosse et les racines des plantes mortes sont de couleur gris cendré.
Choisir une variété à bon comportement car aucune lutte fongicide n’est possible. Allonger la rotation du lin pour réduire l’inoculum.
L’oïdium se manifeste sous forme de taches étoilées blanches qui peuvent rapidement évoluer en un feutrage blanc poudreux recouvrant tous les organes (feuilles, tiges et capsules), affectant la fécondation et l’assimilation chlorophyllienne du lin. La protection fongicide n’est recommandée qu’en cas d’apparition des symptômes avant la floraison, en conditions sèches et chaudes survenant après un épisode pluvieux.
Analyse du risque : il n'y a pas à ce jour de seuil de risque pour la septoriose. Etant donné la nuisibilité potentielle de cette maladie, il est considéré que l'apparition des premiers symptômes constitue un risque. Le risque est d'autant plus important que les conditions climatiques sont humides et douces au moment de la floraison.